In seinem Prüfbericht ( III-222 d.B.) beschäftigt sich der Rechnungshof speziell mit der Medizinischen Fakultät Linz, am 23. Juni stand dieser im Rechnungshofausschuss des Hohen Hauses zur Diskussion.
Während der Rektor der Johannes Kepler Universität Linz sich naturgemäß von der „Entscheidung für den Standort Linz“ überzeugt zeigte, bekräftigte Rehnungshofpräsident Josef Moser die im Prüfbericht geäußerte Kritik. Es sei das Recht der Politik Entscheidungen zu treffen, meinte er, man habe sich im Fall der MedUni Linz jedoch nicht an den vorhandenen Entscheidungsgrundlagen orientiert. So sei die neue medizinische Fakultät nicht in eine Gesamtstrategie eingebettet gewesen und habe sich auch im Hochschulplan nicht wiedergefunden.

In seinem Prüfbericht verweist der Rechnungshof unter anderem auf die komplizierte Finanzierungsstruktur, die sich daraus ergibt, dass grundsätzlich der Bund für die Finanzierung von Universitäten zuständig ist, im Falle der MedUni Linz aber sowohl das Land Oberösterreich als auch die oberösterreichischen Gemeinden Finanzierungsbeiträge leisten. Und das obwohl nur 58% der zugelassenen StudienanfängerInnen im ersten Studienjahr aus Oberösterreich stammten, wie im Prüfbericht angemerkt wird. Aufgaben-, Ausgaben- und Finanzierungsverantwortung klafften damit wieder einmal auseinander, die Anzahl der Finanzierungsströme zwischen Bund und Ländern sei weiter gewachsen. Auch die verpflichtende Kooperation zwischen der MedUni Linz und der Uni Graz ist für die PrüferInnen nicht nachvollziehbar.
Der Rechnungshof macht darüber hinaus darauf aufmerksam, dass Österreich im internationalen Vergleich eine Spitzenposition einnimmt, was die Zahl der graduierten MedizinerInnen und die Ärztedichte betrifft. Hingegen hinkt man beim Verhältnis zwischen ÄrztInnen und anderem Krankenhauspersonal deutlich hinterher. Nur in wenigen EU-Ländern gibt es weniger Krankenschwestern und Krankenpfleger im Vergleich zur Zahl der ÄrztInnen als in Österreich.
Zwar wandern überproportional viele in Österreich ausgebildete MedizinerInnen ins Ausland ab, aus einer vom Gesundheits- und vom Wissenschaftsministerium gemeinsam in Auftrag gegebenen Ärztebedarfsstudie lässt sich laut Rechnungshof die Gefahr eines Ärztemangels aber nicht zwingend herauslesen. Von den 42 Empfehlungen der Studie zur nachhaltigen Sicherung des österreichischen Gesundheitswesens betreffe jedenfalls keine die Errichtung einer weiteren medizinischen Universität oder Fakultät, heißt es im Bericht kritisch. Ganz abgesehen davon, dass eine Schaffung zusätzlicher 300 Studienanfängerplätze laut Rechnungshof auch durch den Ausbau der bestehenden Universitätsstandorte möglich gewesen wäre und das Projekt nicht in eine gesamthafte Bundesstrategie integriert war.
Die Kosten für die Errichtung der Universität Linz werden mit rund 630 Mio. € bis zum Jahr 2027 veranschlagt, wobei laut Rechnungshofbericht das Risiko einer Kostenüberschreitung zum Zeitpunkt der Gebarungsüberprüfung nicht ausgeschlossen war. Empfohlen wird dem Wissenschaftsministerium unter anderem eine Strategie zu entwickeln, um die Abwanderung von ÄrztInnen aus Österreich einzudämmen. Der Rechnungshof hält es außerdem für notwendig, auf die Einhaltung der Finanzierungsverpflichtungen seitens des Landes Oberösterreich zu achten und eine schriftliche Kostentragungsregelung zwischen der Medizinischen Universität Graz und der Universität Linz zu vereinbaren.